
Nach einem anfänglichen Schwerpunkt auf »Malerei« – hierfür steht u.a. die große Franz Gertsch-Ausstellung im Jahr 2000 – entwickelte sich das Programm unter seinen unterschiedlichen KuratorInnen Wilhelm Figger, Nina Möntmann, Mathias Güntner und Ulla Lohmann zunehmend dahin, Entwicklungen der Gegenwartskunst auch medienübergreifend darzustellen und themenbezogen Fragestellungen der künstlerischen Produktion zu vermitteln. Davon zeugen beispielsweise Gruppenausstellungen wie »Eigene Systeme« (2002), »Plattform Taubenstrasse« (2003) »Selbstporträt/Identität« (2004) oder »Pflanzendialoge« (2006).
Im Januar 2007 veranlasste Tim Voss als neuer künstlerischer Leiter seit 2008 gemeinsam mit Britta Peters, abermals eine Verschiebung der Ausstellungspraxis: Im Mittelpunkt des durch ihn initiierten und über zwei Jahre angelegten Ausstellungszyklus »Reihe:Ordnung« stand der Versuch, den Zugriff zeitgenössischer KünstlerInnen und –gruppen auf gesellschaftliche relevante Themen, wie Arbeit, Liebe, Geld, Sex, Macht, Freiheit und Zukunft, so die Untertitel der insgesamt sieben realisierten Ausstellungen, nicht durch eine Zusammenstellung von bestehenden Werken zu repräsentieren, sondern anhand von komplexen Installationen unmittelbar erfahrbar zu machen.
Unter der Leitung von Britta Peters und Marie Luise Birkholz im Jahr 2010 lag der Schwerpunkt auf einer Erweiterung und Kontextualisierung der Ausstellungsebene durch die im MAGAZIN bereitgehaltenen Bücher, Bilder, Texte und Informationen. Gleichzeitig fand durch die Herausgabe eigener Publikationen mit den ausstellenden KünstlerInnen eine mehrfache Rückkopplung statt:
Die durch den Kunstverein aufgelegten Künstlerbücher gingen in die eigene Sammlung ein und bleiben dort lebendig, genauso wie sich mit ihnen die in der Ausstellung begonnenen Auseinandersetzung mit der vorgestellten künstlerischen Position an einem anderen Ort fortsetzen lässt.
Seit 2011 steht der Kunstverein unter der kuratorischen Leitung von Isabelle Busch und Franziska Solte, die sich verstärkt einem internationalen Programm widmen. Dies spiegelte sich unter anderem in ihrer Antrittsausstellung „Is This Where It Ends?“ mit Sunah Choi und Haroon Mirza wider. Die Anbindung an lokale Künstler geht dabei jedoch nicht verloren: In der Ausstellungsreihe „Am Piano“ 2012 wurden junge Hamburger Künstler eingeladen in den Räumlichkeiten des Harburger Kunstvereins Kabinettausstellungen zu entwickeln. Begleitend zu jeder Ausstellung finden Filmabende in dem von Jesko Fezer gestalteten Kino in den ehemaligen Räumlichkeiten des Magazins statt, welches sich nun in der Galerie „Trottoir“ (St. Pauli) befindet.


